В настоящее время 9 журналов Самарского университета входят в Перечень рецензируемых научных изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание учёной степени кандидата наук, на соискание учёной степени доктора наук (Перечень ВАК).

Журналы университета индексируются как в российских, так и международных базах данных:

• «Компьютерная оптика» индексируется в базах Scopus и WoS CC (составляющая Emerging Source Citation Index);
• «Journal of Biomedical Photonics & Engineering» индексируется с 2020 года в базе Scopus;
• журналы «Компьютерная оптика», «Вестник Самарского университета. Аэрокосмическая техника, технологии и машиностроение», «Онтология проектирования» и «Journal of Biomedical Photonics & Engineering»  индексируются в базе Russian Science Citation Index на платформе Web of Science;
• выпуски журналов размещаются в международных базах и ресурсах, соответствующих научной тематике издания, в том числе Inspec, East View, EBSCO, DOAJ (Directory of Open Access Journals), Math-Net.Ru, ZbMATH, CAS (American Chemical Society) и других.